• Objectifs :
  • découvrir le langage et logiciel R,
  • apprendre les bases,
  • devenir autonome ;
• Horaire :
  • Attention, horaire variable selon les semaines !
  • 10 Séances ;
• Évaluation :
  • Contrôle continu.

• Création de S dans les années 1970 :
  • AT&T Bell Laboratories,
  • John Chambers, Douglas Bates, Rick Becker, Bill Cleveland, Trevor Hastie, Daryl Pregibon et Allan Wilks,
  • manipuler les données,
  • effectuer des analyses statistiques,
  • créer des graphiques ;

• Création de R dans le milieu des années 1990 :
  • département de Statistiques de l'Université d'Auckland,
  • Ross Ihaka et Robert Gentleman,
  • inspiré du S et de Scheme,
  • distribution sous les termes de la General Public Licence,
  • développement et distribution par la R Development Core Team,
  • ajouts par la communauté.

• R est un langage interprété ;
• donc pas de compilation ;

• deux méthodes de travail :

  • dans la console,
  • dans une fenêtre de script.

1. Écrire dans la console l'expression suivante, et valider :

> 2+1

## [1] 3

1. En faire de même dans un fichier de script.

• résultat d'une évaluation affiché mais pas enregistré;
• conservation du résultat avec "<-"" ou "->"" ;
• affichage du contenu d'une variable à l'aide de son nom.

x <- 2+1
x

## [1] 3

x^2 -> y
y

## [1] 9

• contenu non affiché lors de l'assignation ;

x <- 2+1

• utilisation des parenthèses pour forcer l'affichage du contenu.

(x <- 2+1)

## [1] 3

• utilisation du symbole "=" autorisée ;
• mais déconseillée.

• caractères alphanumériques, trait de soulignement, point ;
• ne doit pas commencer par un chiffre ;
• ne doit pas contenir d'espace (sauf si entouré de guillemets) ;
• sensibilité à la casse.

Dans ce cours, la convention sera la suivante pour le nommage :

• tout en minuscule ;
• espaces remplacées par des traits de soulignement.

variable_1 <- 2+1
!variable_2 <- 3+1

## Error: objet 'variable_2' introuvable

Variable_1

## Error: objet 'Variable_1' introuvable

variable_1

## [1] 3

• les objets stockés en mémoire sont accessibles avec la fonction ls()

ls()

## [1] "encoding"   "inputFile"  "variable_1" "x"          "y"

• pour modifier un objet, on utilise à nouveau "<-" ;
• la modification d'une copie n'affecte pas l'original ;
• la suppression s'effectue avec la fonction rm().

premier_objet <- 2+1
premier_objet <- 2+1
second_objet <- premier_objet # On assigne la valeur de premier_objet
# à second_objet
premier_objet <- 2+2 # On change la valeur de premier_objet
# Puis on affiche le contenu des deux objets :
premier_objet # Le résultat doit être 4

## [1] 4

second_objet # Le résultat doit être 3

## [1] 3

premier_objet # L'objet existe

## [1] 4

rm(premier_objet) # On le supprime
premier_objet # Son affichage provoque un message d'erreur

## Error: objet 'premier_objet' introuvable

• les packages contiennent :
  • des jeux de fonctions,
  • des fichiers d'aide,
  • éventuellement des jeux de données ;
• les fonctions élémentaires sont dans le package base;
• certains packages sont chargés par défaut.

Liste des packages chargés dans la session par défaut (plus base) :

getOption("defaultPackages")

## [1] "datasets"  "utils"     "grDevices" "graphics"  "stats"    
## [6] "methods"

Pour installer un nouveau package, le plus simple est d'utiliser la fonction install.packages().

install.packages("ggplot2")

Pour pouvoir utiliser les fonctions et jeux de données contenues dans un package, il faut le charger.

library("ggplot2")

• l'aide en ligne est simple d'utilisation ;
• la plupart des fichiers d'aide sont bien documentés ;
• accès direct à la fiche d'aide avec la fonction help() ;
• recherche de fichiers d'aide par titre ou mot-clé avec la fonction help.search().

Pour trouver des explications sur la fonction log() :

help("log")

## Help on topic 'log' was found in the following packages:
## 
##   Package               Library
##   base                  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library
##   spam                  /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library
## 
## 
## Using the first match ...

De manière équivalente, on peut écrire :

?log

## Help on topic 'log' was found in the following packages:
## 
##   Package               Library
##   base                  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library
##   spam                  /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library
## 
## 
## Using the first match ...

Pour rechercher un sujet, un mot-clé :

# Pages dont le titre ou le sujet match "logarithm"
help.search("logarithm")
# De manière équivalente
??logarithm

# Pages dont les mots clés contiennent "data"
help.search(keyword = "data")

La liste des mots-clés est disponible ici : https://svn.r-project.org/R/trunk/doc/KEYWORDS

Quelques réflexes à avoir :

• consulter l'aide à partir du logiciel ;
• consulter des ouvrages de référence ;
• consulter les archives des mailing-lists ;
• consulter les questions sur StackOverflow.